ด่านศุลกากรแม่กลอง รับผิดชอบทางศุลกากรในเขตพื้นที่ รวม 4 จังหวัด ได้แก่ จังหวัดสมุทรสงคราม จังหวัดสมุทรสาคร จังหวัดราชบุรี และจังหวัดเพชรบุรี คิดเป็นพื้นที่อยู่ในการควบคุมดูแลประมาณ 12,710.654 ตารางกิโลเมตร (ไม่รวมชายฝั่งทะเล) (ตามข้อ 1. (2) แห่งประกาศกระทรวงการคลัง เรื่อง กำหนดและแบ่งส่วนราชการตามกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมศุลกากร กระทรวงการคลัง พ.ศ. 2551)

พื้นที่จังหวัดสมุทรสงคราม มีข้อจำกัดร่องน้ำเดินเรือตื้นโดยมีความลึกเมื่อน้ำขึ้นสูงสุดเพียง 5.5 เมตรเท่านั้นทำให้เรือบรรทุกสินค้าขนาดใหญ่ไม่สามารถเข้ามาใช้บริการได้

3. จังหวัดราชบุรี ลักษณะพื้นที่ความรับผิดชอบ พื้นที่บริเวณชายแดนติดกับประเทศพม่า ตั้งแต่เขตจังหวัดกาญจนบุรีจนถึงเขตจังหวัดเพชรบุรีมีลักษณะเป็นเทือกเขาและภูเขาเล็กๆ ตามชายแดนระหว่างประเทศ ลักษณะพื้นที่เต็มไปด้วยป่าเขาทุรกันดาร หน้าฝนการเดินทางลำบากมาก มีช่องทางธรรมชาติหลายแห่งที่สามารถเดินเท้าเข้าออกตามชายแดนได้มีการค้าขายตามชายแดนเล็กๆ สินค้าเป็นสิ่งของเครื่องใช้ตามท้องถิ่นที่ใช้ตามท้องถิ่น
ช่องตะโกบน เป็นช่องทางติดชายแดนบริเวณอำเภอสวนผึ้ง จังหวัดราชบุรี มีเส้นทางรถยนต์ผ่านเข้าออกจากประเทศไทยไปยังประเทศพม่าได้ เมื่อหลายปีก่อนเคยมีการนำไม้จากประเทศพม่าเข้ามาในประเทศไทย และที่ตำบลท่าเคย ซึ่งเป็นเส้นทางหลักที่จะผ่านไปอำเภอสวนผึ้ง จังหวัดราชบุรีกำหนดยุทธศาสตร์ที่จะเปิดเป็นตลาดการค้าชายแดน ณ บริเวณที่หมู่ 8 บ้านตะโกปิดทอง อำเภอสวนผึ้งซึ่งเป็นช่องเขาติดชายแดนประเทศไทยและประเทศพม่า
ในพื้นที่จังหวัดราชบุรี มีท่าเรือจำนวน 1 ท่า คือ ท่าเรือทรัพย์บุญมี ราชบุรี เป็นท่าเรือขึ้นลงสินค้าเข้าออกทะเลปากอ่าวแม่กลองสมุทรสงคราม โดยมีการนำเข้าแร่เฟลด์สปาร์ (Feldspar)

4. จังหวัดเพชรบุรี เนื้อที่ประมาณ 6,225.138 ตารางกิโลเมตร ทิศเหนือ ติดกับอําเภอปากท่อ จังหวัดราชบุรี และอําเภออัมพวา จังหวัดสมุทรสงคราม ทิศใต้ ติดกับอําเภอหัวหิน จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ ทิศตะวันออก ติดกับอ่าวไทย ทิศตะวันตก ติดกับสาธารณรัฐสังคมนิยมแห่งสหภาพเมียนมาร์ (พม่า) มีเขตแดนทางน้ำจากตำบลห้วยทรายเหนืออำเภอชะอำ ถึงเขตจังหวัดระหว่างจังหวัดเพชรบุรีกับจังหวัดสมุทรสงคราม

ในพื้นที่จังหวัดเพชรบุรี มีท่าเรือจำนวน ๑ ท่า คือ บริษัท ชลประทานซีเมนต์ จำกัด อ. ชะอำ จ. เพชรบุรี (ท่าเรือชลประทานซีเมนต์ ชะอำ) เป็นท่าเรือค้าชายฝั่ง